A lagoa de Melides faz parte de um sistema de lagoas interiores localizadas ao longo da faixa litoral Alentejana (sul de Portugal); este sistema lagunar requer intervenções anuais complexas de restabelecimento da sua ligação ao meio marinho, uma vez que a tendência natural é o isolamento das bacias lagunares. A alternância entre as fases de abertura ao meio marinho e de isolamento lacustre conferem a este sistema uma complexidade singular, que exige um acompanhamento multi-disciplinar constante e uma gestão ambiental especializada, de forma a garantir transições controladas entre os diferentes equilíbrios físico-químicos e ecológicos.
Estas lagoas costeiras possuem, adicionalmente, uma elevada relevância ecológica, facto que levou à sua inclusão da Rede Natura 2000.
A Nemus participou num estudo integrado da lagoa de Melides cujo objetivo foi: identificar as potencialidades, condicionantes e problemas deste complexo sistema lagunar , de forma a definir as ações necessárias à requalificação e gestão da lagoa, do corredor temporário de comunicação com o mar e também da área terrestre envolvente. O estudo teve uma forte componente de modelação matemática e de análise de dados em sistemas de informação geográfica (SIG), assim como detalhados estudos ambientais.
Entre as várias medidas propostas, destaca-se o combate à eutrofização, que contemplou uma proposta de colocação de arejadores, a definição das regras para abertura da barra, o planeamento temporal destas atividades e a avaliação dos investimentos necessários.