O planeamento da desmatação e desarborização da albufeira de Alqueva materializou uma das medidas minimizadoras dos impactes na qualidade da água preconizado pelo estudo de impacte ambiental do Empreendimento de Fins Múltiplos de Alqueva.
O plano incluiu a execução de levantamentos para caraterizar a vegetação a remover e identificar os principais impactes sobre a fisiografia, a fauna e o património cultural. Foram propostos diversos procedimentos operacionais que reduzissem significativamente os aspetos negativos associados à remoção da vegetação numa área de aproximadamente 25 mil hectares. Em simultâneo foi definido o âmbito, a estrutura organizacional e o faseamento das ações de corte, rechega, renovação e transporte de cerca de 1,2 milhões de árvores, assim como de uma área considerável de matos e galerias ripícolas.
Dada a sensibilidade do tema, este foi objeto de cinco dos mais de 40 trabalhos que a Nemus realizou para a EDIA desde 1998. Em consórcio com a Chiron, a Nemus desenvolveu posteriormente as revisões deste plano e o plano de proteção, recuperação e valorização do coberto vegetal nas envolventes de Alqueva e Pedrógão, para compensar as áreas de floresta destruídas pela desmatação e enchimento das albufeiras.